Como parte de Brotas, Ipupiara era assistida pela mesma paróquia, fundada em 1847 e também por Barra do Mendes. Capelas foram construídas nos povoados maiores, visitas, missas e sacramentos, festas e novenas foram alicerçando a fé daquele povo. Em 1950 foi implantado o Apostolado da Oração. 

A partir dos anos 70, padre João Cristiano estimulou a organização das comunidades em toda a região, formando grupos de jovens e adultos, ministros e catequistas para animar a vida e a fé na região. O dízimo começou em 1980. 

Em agosto de 1985 chegou o primeiro grupo residente, das Irmãs do Imaculado Coração de Maria. Dedicaram-se à evangelização e organização das comunidades e das primeiras pastorais: da criança (já em 1985, uma das primeiras da Bahia), da família, da juventude. Construíram o primeiro Centro Paroquial para abrigar as diversas ati-vidades pastorais e catequéticas. 

A paróquia de São João Batista foi instalada em 18 de outubro de 1987 e ficou sob os cuidados das Irmãs, com a assistência dos padres de Brejinhos. A partir de 1997 chegaram para residir os Fra-des Franciscanos José Zanchett, Luiz Iakovacz, Fabiano Kessin e Moises Beserra de Lima. Em 2002 chegou o Pe. Claudio de Sousa Nogueira dando continuidade e ampliando imensamente a ação pastoral. 

Foram criadas: – a PJ FEST, um carnaval diferente reunindo jovens e famílias para um momento de descontração e convivência. – O ARRAIÁ da PJ marca o encerramento dos festejos juninos, oferece um ambiente familiar com comidas típicas, brincadeiras e apresentações da cultura do interior do Brasil, buscando resgatar as tradições das antigas festas juninas.

Desde agosto de 2016 à 2024, padre Márcio Benevides foi o Pároco. Momentos fortes são a celebração das festas dos padroeiros nas diversas comunidades, especialmente a de São João (na sede). São 41 comunidades – quatro na sede e 37 no interior – com 38 capelas construídas. Em 27 de julho de 2024 assumiu o Pe. José Leandro Vieira dos Santos como novo pároco desta Paróquia e na mesma data o Pe. Romário Vieira da Franca assumiu como novo vigário paroquial.