Em 1624 os frades capuchinhos edificaram a primeira capelinha de São Francisco da Barra do Rio Grande do Sul de Pernambuco, que anos depois foi destruída por uma enchente. Os religiosos fran-ciscanos alcantarinos vieram para catequizar os índios dessas terras e entre 1680 e 1690 ergueram a 2ª capela dedicada a São Francisco criando um aldeamento de índios catequizados. 

Embora haja indícios de sua existência desde 1700, oficialmente a paróquia foi criada em 1733. Nesse ano consta o registro do primeiro batizado assinado pelo padre José Geraldo Meireles que se tornou o primeiro pároco. A paróquia fazia parte do Bispado de Olinda até 1854 (ficou pertencendo a Pernambuco durante 121 anos). Em 25 de maio de 1854, o Papa Pio IX, por Decreto Consistorial, fazia passar para o Arcebispado da Bahia as freguesias da Província que ainda obedeciam ao Bispo de Olinda, entre elas, Barra. Não há registros da data de construção da segunda igreja. Certamente essa primeira matriz foi destruída por uma inundação. 

Em 1769 o vigário Pe. Manoel de Almeida instalou a capela de Nossa Senhora do Rosário construída em pedra e cal. A 2ª capela é de 1825 e foi demolida em 1920. A 3ª e atual capela foi construída pelos missionários redentoristas e inaugurada em 1948. A Capela do Rosário serviu de matriz paroquial até 1829. 

Também foram instaladas as Irmandades do Santíssimo Sacramento e a do Senhor Bom Jesus da Boa Morte que em 1806 construiu a Igreja de Bom Jesus da Boa Morte. Com o desaparecimento da irmandade, Dom Augusto (o 1º Bispo da Diocese de Barra) mudou, em 1921, o nome para Bom Jesus dos Navegantes, mais condizente com a proximidade do rio e de seus transeuntes. 

A Igreja de Bom Jesus da Boa Morte serviu de matriz de 1829 a 1911, tendo hospedado a imagem de São Francisco das Chagas por 100 anos. Depois passou um período relegada ao esquecimento. Foi recuperada e em 1992 se tornou o Santuário do Bom Jesus dos Navegantes. Uma completa restauração foi realizada em 2007- 2008 

A atual e centenária Catedral Diocesana começou a ser idealizada em 1850, pelo vigário José Gregório dos Santos. A planta foi elaborada pelo engenheiro militar Souza Aguiar e aprovada em 1855. Devido a uma epidemia de varíola, a colocação solene das primeiras ocorreu quatro anos depois, em 04 de outubro de 1859, por Frei Sabino Camillas de Carmem. Por falta de recursos, as obras foram paralisadas em março de 1968. A construção durou cerca de 50 anos e foi inaugurada em 31 de dezembro de 1910. 

Com a criação da Diocese de Barra em 1913, foi seu primeiro Bispo D. Augusto Álvaro da Silva, investido no cargo à 22 de novembro de 1915, elevando a matriz à categoria de catedral. Como sede episcopal a influencia da cidade de Barra cresceu mais ainda. Os bispos foram sucedendo-se deixando grandes legados não apenas religiosos, mas educacionais, culturais, econômicos e humanitários. 

Passaram pela paróquia 58 párocos ou administradores paroquiais. 

Em 1975 chegaram as Irmãs de Santa Catarina contribuindo de modo decisivo na formação de lideranças das pastorais, especialmente nos Brejos. Iniciaram também o projeto social Madre Regina atendendo às crianças e adolescentes do bairro Sagrada Família e redondeza. 

Em 2009 foi criada a quase-paróquia de Santa Cruz que reúne o distrito de Ibiraba e as comunidades vizinhas do Brejo. Hoje a Paróquia São Francisco das Chagas tem a seu cargo 58 comunidades. Outras 15 comunidades estão confiadas a paróquias vizinhas por maior proximidade. 

Com tanta história, a Paróquia hoje tem suas pastorais organizadas, Catequese, Liturgia, Pastoral da Juventude e da Família, com diversos grupos, Pastoral da Criança, do Idoso, do Dízimo. Movimentos atuantes como o Apostolado da Oração, a Legião de Maria, Mãe Rainha. 

Projetos Sociais de iniciativa de membros da Igreja se destacam: o Centro Educacional Menino Jesus, a Obra Social Madre Regina, a Lavanderia Comunitária Santa Clara e reinaugurada, com novos e funcionais equipa-mentos em novo local, em 4 de outubro de 2014. A Barra conta ainda com um Abrigo dos Idosos que acolhe idosos desamparados. Em 15 de junho de 2024, assume o Pe. Bruno Macedo Portela como Pároco desta Paróquia.

Comunidades atendidas: